とある超電磁砲ピンボールマシン

1. 概要

バイオイメージ・インフォマティクスでは、解析ワークフローを確立するために様々なツールを開発する必要がある。我々がマウスプロジェクトあるいはゼブラフィッシュプロジェクトで開発したツールも、ここにできるだけ公開していきたい。

2. マウスプロジェクト

Annotation ROI 3D

3次元スライス画像に対するアノテーションを目的として開発したソフトウェアで、のプラグインとして開発した。画像処理によって抽出した領域にIDを付与し、IDごとにチェックボックスとテキストボックスによるアノテーションを可能とし、アノテーション結果の入出力はXML形式で行う。オープンソースとしてからダウンロードできる。またでは、より詳しい情報やドキュメントを提供している。

Developed by William Grimes.

MINC Tool Kit

はMcConnell Brain Imaging Centerが開発するソフトウェアで、マウスのマイクロCT画像のレジストレーションができる。コードもサイトから配布されているが、インストールがかなり難しいため、インストール済みのUbuntu仮想マシンを用意し、これをダウンロードするだけで動くようにした。

Developed by Kitti Koonsanit.

3. ゼブラフィッシュプロジェクト